안녕하세요 !

이것은 내 새 블로그입니다. kkk~. 이 블로그는 전산 화학 최종 시험의 작업입니다. 잘하면 유용할 수 있습니다.

Sabtu, 31 Desember 2011

GElement [Chempup]

     GElement merupakan salah satu perangkat lunak yang di "bundle" bersama chempup. Software ini adalah tabel periodik unsur yang memiliki informasi dari setiap unsur yang disajikan. Salah satu kelebihan software ini adalah kita bisa mendapatkan informasi yang sangat banyak dari masing-masing unsur.
     Kita bisa mendapatkan informasi umum mengenai unsur tersebut semisal kaum, periode, penemu dan tempat ditemukannya, lalu kita juga bisa mengetahui sifat fisik dan atom dari unsur. Satu hal lagi yang menarik dari software ini kita dapat mengurutkan unsur-unsur yang ada di tabel periodik sesuai dengan keinginan kita yaitu dengan mengubah sudut pandangnya menjadi bentuk tabel.



Seperti halnya aplikasi yang menyajikan tabel periodik tentu akan memberikan informasi sedatail mungkin dengan tampilan yang sangat menarik. Tak terlalu banyak lebih-nya pada aplikasi yang satu ini. Pada GElement ini kita bisa melihat properti terkait unsur masing-masing mulai dari informasi yang tergolong umum, sifat fisik, maupun sifat atomiknya.




Berikut ini adalah screenshoot tampilan GElement model list, bukan dalam bentuk tabel seperti yang terlihat pada gambar-gambar sebelumnya. Kita bisa mengurutkan berdasarkan header tabel list yang ada juga bisa melihat sifat berdasarkan sifat umum (general), sejarah, sifat fisik, sifat termal, sifat atomik, bentuk kristalografik, elektronik dan sebagainya.



Aplikasi ini sangat cocok digunakan mempelajari materi yang terkait dengan sistem periodik, struktur atom dan kimia unsur. Meskipun belum didapatkan yang dapat dipasang di sistem operasi windows, softaware serupa sudah banyak tersedia, baik dalam bentuk flash maupun web atau yang harus diinstall terlebih dahulu.







Chemtool [Chempup]

ChemTool sesungguhnya hanyalah sebuah file spreadsheet yang dirancang untuk penkonversian massa zat ke mol dan sebaliknya. Chemtool ini merupakan salah satu applet yang ada dalam Chempup seperti yang saya tulis di ChemPup, Applet Kimia pada Puppy Linux. Sangat sederhana namun cukup inspiratif. Ini tentu masih dapat dikembangkan lebih lanjut untuk pembuatan kalkulator khusus hanya dengan menggunakan spreadsheet. Saya sudah coba mengalihbahasakan ChemTool ini.


Ini adalah bentuk aslinya:




Berikutnya adalah hasil terjemahan dengan tidak mengubah rumus yang ada di dalam-nya:








Source: blogtopsites


Peran Kimia Komputasi dalam Penemuan Obat


Membawa senyawa kimia dari aras ide menjadi obat yang beredar di pasar merupakan proses yang membutuhkan sekitar rata-rata 800 juta US dollar menurut catatan yang disampaikan DiMasi dkk. (2003). Biaya yang sangat besar tentunya, apalagi dikaitkan dengan kemampuan ekonomi negara-negara berkembang, seperti Indonesia. Strategi dan upaya yang efektif dan ekonomis diperlukan untuk membawa Indonesia juga turut diperhitungkan dalam penemuan obat.
Tawaran yang menarik akhir-akhir ini adalah pemanfaatan komputer sebagai alat bantu dalam penemuan obat. Kemampuan komputasi yang meningkat eksponensial merupakan peluang untuk mengembangkan simulasi dan kalkulasi dalam merancang obat. Komputer menawarkan metode in silico sebagai komplemen metodein vitro dan in vivo yang lazim digunakan dalam proses penemuan obat. Terminologi in silico, analog dengan in vitro dan in vivo, merujuk pada pemanfaatan komputer dalam studi penemuan obat.
Mengapa dikatakan menarik? Alasan utamanya adalah efisiensi biaya. Sebagai ilustrasi akan disampaikan perbandingan penemuan obat secara konvensional dan dengan bantuan komputer ketika ditemukan suatu senyawa A dalam tanaman Z yang diduga aktif sebagai senyawa antikanker dengan menghambat enzim X, suatu enzim yang sudah diketahui strukturnya secara kristalografi:
  1. Konvensional
    Secara konvensional yang bisa dilakukan adalah mensintesis turunan dan analog senyawa A dan diujikan dalam enzim X sampai ditemukan benerapa senyawa yang sangat potensial untuk dikembangkan. Pada senyawa-senyawa potensial tersebut dilakukan uji lanjutan dan secara alami senyawa-senyawa tersebut dapat berguguran dan tidak sampai ke pasar karena terbentur beberapa masalah pada uji lanjutan, misal didapati toksis. Kemudian dilakukan skrining lagi dari tanaman yang secara empiris dilaporkan mengobati kanker.
  2. Dengan bantuan komputer (Computer-aided drug discovery; CADD)
    Di lain pihak, keberadaan sebuah komputer pribadi dilengkapi dengan aplikasi kimia komputasi yang memadai ditangan ahli kimia komputasi medisinal yang berpengalaman dapat menayangkan senyawa A secara tiga dimensi (3D) dan melakukan komparasi dengan senyawa lain yang sudah diketahui memiliki aktivitas tinggi, misal senyawa B. Berdasarkan komparasi 3D dilengkapi dengan perhitungan similaritas dan energi, memberikan gambaran bagian-bagian dan gugus-gugus potensial yang dapat dikembangkan dari senyawa A (pharmacophore query). Kemudian berbagai senyawa turunan dan analog disintesis secara in silico alias digambar sesuai persyaratan aplikasi komputer yang digunakan (Untuk selanjutnya disebut senyawa hipotetik). Hal ini jelas jauh lebih murah daripada sintesis yang sebenarnya. Keberadaan data struktur 3D enzim X akan sangat membantu. Aplikasi komputer dapat melakukan studi interaksi antara senyawa-senyawa hipotetik dengan enzim X secara in silico pula. Dari studi ini dapat diprediksi aktivitas senyawa-senyawa hipotetik dan dapat dilakukan eliminasi senyawa-senyawa yang memiliki aktivitas rendah. Sebelum diusulkan untuk disintesis, senyawa-senyawa hipotetik tersebut dengan diprediksi toksisitasnya secara in silico dengan cara melihat interaksinya dengan enzim-enzim yang bertanggung jawab pada metabolisme obat. Dari beberapa langkah in silico tersebut, dapat diusulkan beberapa senyawa analog dan turunan senyawa A yang memang potensial untuk disintesis dan dikembangkan, atau mengusulkan untuk mengembangkan seri baru. Jumlah senyawa yang diusulkan biasanya jauh lebih sedikit dibandingkan penemuan obat secara konvensional.
Dalam hal ini komputer membantu untuk mereduksi jumlah senyawa yang diusulkan secara rasional dan diharapkan lebih efektif serta , membantu mempelajari interaksi obat dengan targetnya bahkan kemungkinan sifat toksis senyawa tersebut dan metabolitnya. Berdasar pengalaman penulis, dalam waktu satu tahun di Indonesia dikarenakan kurang pengalaman (dan starting material tidak dapat ditemui di agen lokal, harus impor dan butuh waktu tiga bulan jika ada stoknya; alat untuk elusidasi struktur sangat jarang dan andaikan ada pun sering tidak dalam kondisi dapat digunakan,) rata-rata hanya mampu melaporkan sintesis 3 senyawa sederhana. Peran komputer dalam hal ini bagi negera berkembang dapat dioptimalkan.
Berdasarkan ilustrasi di atas dapat disarikan dua metode yang saling melengkapi dalam penggunaan komputer sebagai alat bantu penemuan obat, yaitu: (i) berdasarkan senyawa yang diketahui berikatan dengan target atau biasa disebut ligand, (rancangan obat berdasarkanligandligand-based drug designi(LBDD)) dan (ii) berdasarkan struktur target baik berupa enzim maupun reseptor yang bertanggung jawab atas toksisitas dan aktivitas suatu senyawa di dalam tubuh (rancangan obat berdasarkan struktur target; structure-based drug design(SBDD)).
LBDD memanfaatkan informasi sifat fisikokimia senyawa-senyawa aktif sebagai landasan mendesain senyawa baru. Tiga metode LBDD yang lazim digunakan adalah pharmacophore discovery dan hubungan kuantitatif struktur-aktivitas/quantative structure-activity relationship(HKSA/QSAR), dan docking studies. Pharmacophore discovery yaitu metode mencari kesamaan sifat fisikokimia antara lain sifat elektronik, hidrofobik dan sterik dari senyawa-senyawa yang dilaporkan aktif kemudian dibangun suatu bagian 3D yang menggabungkan sifat gugus-gugus maupun bagian senyawa yang diduga bertangung jawab terhadap aktivitasnya (pharmacophore). Adapun QSAR memadukan statistika dengan sifat fisikokimia senyawa yang dapat dikalkulasi dengan bantuan komputer guna menurunkan suatu persamaan yang dapat digunakan memprediksi aktivitas suatu senyawa
Struktur protein target dapat dimodelkan dari data yang diperoleh struktur kristalnya maupun hasil analisis nuclear magnetic resonance NMR) maupun data genomic (bioinformatics). Struktur protein hasil kristalografi dapat diakses di www.rscb.org. SBDD memanfaatkan informasi dari struktur protein target guna mencari sisi aktif protein yang berikatan dengan senyawa. Berdasarkan prediksi sisi aktif dapat dirancang senyawa yang diharapkan berikatan dengan protein target tersebut dan memiliki aktivitas biologis.
Dengan memanfaatan informasi dari struktur target maupun sifat fisikokimia ligand dapat dilakukan skrining uji interaksi senyawa-senyawa yang diketahui aktif (ligand) pada prediksi sisi aktif protein. Berdasarkan informasi yang diperoleh dirancang senyawa baru yang diharapkan lebih poten dari senyawa-senyawa yang ada. Hal ini juga digunakan untuk studi interaksi liganddengan protein targetnya. Salah satu kelemahan docking studies dalam untuk studi interaksi adalah asumsi struktur protein yang kaku, yang tidak memfasilitasi efek induced-fit dari interaksi protein dengan ligand-nya. Fleksibilitas protein dan interaksinya dengan suatu senyawa dapat dianalisis dengan mengaplikasikan Molecular Dynamics (MD), simulasi yang melihat perubahan struktur suatu senyawa terhadap waktu berdasarkan parameter-parameter tertentu.
Permasalahan utama untuk pemanfaatan komputer ini adalah keberadaan aplikasi kimia komputasi yang memadai dan lengkap. Salah satu aplikasi kimia komputasi yang cukup memadai untuk penemuan obat adalah Molecular Operating Environment (MOE) yang dikembangkanChemical Computing Group (www.chemcomp.com). MOE selain menawarkan fasilitas yang cukup lengkap juga user-friendly sehingga cocok digunakan dalam pembelajaran. Hanya saja aplikasi kimia komputasi yang user-friendly biasanya mahal sehingga alasan efisiensi biaya tidak lagi relevan. Sebagai informasi, biaya lisensi untuk penggunaan akademis (non komersial) sekitar 2000 US dollar pertahun. Namun demikian di era open source ini semakin banyak aplikasi-aplikasi kimia komputasi berbasis open source maupun yang menawarkan free academic license(Geldenhuys dkk., 2006). Hanya saja aplikasi-aplikasi tersebut seringkali tidak user-friendly dan untuk memanfaatkannya membutuhkan kemampuan komputer yang lebih dalam, seperti menguasai LINUX-based operating system dan command line editor bawaan masing-masing aplikasi. Selain tidak user-friendly, aplikasi-aplikasi tersebut seringkali fokus pada satu topik sehingga tidak cukup lengkap digunakan secara komprehensif. Beberapa contoh aplikasi-aplikasi yang tersedia secara gratis untuk tujuan nonkomersial: NAMD (http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/) , sebuah aplikasi untuk Molecular Dynamics; Visual molecular dynamics (VMD; http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/) untuk visualisasi molekul baik tunggal maupun trajectory hasil studi Molecular Dynamics; ArgusDock (www.arguslab.com) untukdocking analisis; GAMESS (www.uiowa.edu/~ghemical/gtk-gamess.shtml) untuk minimisasi energi; dan ACD/labs ChemSkecth (www.acdlabs.com) untuk menggambar struktur kimia.
Dengan berbagai data sintesis dan uji aktivitas yang telah dilakukan banyak peneliti yang telah dipublikasikan baik di Indonesia maupun internasional serta data struktur protein yang dapat mudah diakses, berpartisipasi dalam penemuan obat secara efektif dan efisien dengan memanfaatkan CADD merupakan salah satu peluang yang layak dipertimbangkan untuk ditekuni lebih lanjut.
Daftar Pustaka:
DiMasi, J.A., et al (2003) The price of innovation: new estimates of drug development costs. J. Health. Econ., 22, 151-185
Geldenhuys, W,J., et al (2006) Optimizing the use of open-source software applications in drug discovery. DDT, 11 (3/4), 127-132


Source: chem-is-try

DOWNLOAD MATERI DAN BUKU KIMIA KOMPUTASI

Materi Kimia Komputasi

Praktikum Kimia Komputasi I

Praktikum Kimia Komputasi II

Materi Kimia Komputasi I POWERPOIN KIMIA KOMPUTASI I: Oleh: Prof Harno D Pranowo

Materi Kimia Komputasi I POWERPOIN KIMIA KOMPUTASI 2: Oleh: Prof Harno D Pranowo

Materi Kimia Komputasi I POWERPOIN KIMIA KOMPUTASI 3: Oleh: Prof Harno D Pranowo

Materi Kimia Komputasi I POWERPOIN KIMIA KOMPUTASI 4: Oleh: Prof Harno D Pranowo

Materi Kimia Komputasi I POWERPOIN KIMIA KOMPUTASI 5: Oleh: Prof Harno D Pranowo

MATERI WORD KIMIA KOMPUTASI: oleh: Prof Harno Pranowo

Materi Kimia Komputasi II: Oleh: Prof Harno D Pranowo

Kumpulan Jurnal Kimia Komputasi

PowerPoint Computer Modeling

PowerPoint Metode QMMM 1

PowerPoint Metode QMMM 2

PowerPoint Metode QMMM 3

Terjemahan Metode QMMM Hyperchem

Interaction of cysteine with Cu2+

Download Buku Kimia Komputasi Gratis

Introduction to Computational Chemistry

Frank Jensen, Second Edition

Computational Chemistry Jerzy Leszczynski, Volume 6

Computational Chemistry Jerzy Leszczynski, Volume 9

Computatioanal Chemistry Theories and Models Christopher J Cramer, Second Edition

Computatioanal Chemistry Theories and Models Christopher J Cramer, Second Edition NEW

Computational Chemistry Introduction to the Theory and Applications of Molecular and Quantum Mechanics, Errol Lewars

Computational Chemistry and Molecular Modeling K.l.Ramachandran, G.Deepa, K.Namboori

Computational Chemistry, David C, Young

Molecular Modelling Principles and Applications Andrew R.Leach, Second Edition

Modelling Molecular Structures, Alan Hinchliffe, Second Edition 

Practical Aspects Of Computational Chemistry Jerzy Leszczynski. Manoj K. Shukla

High Performance Computing in Chemistry (NIC),Johannes Grotendorst

Computational Chemistry David C Young

A Guide to Molecular Mechanics and Quantum Chemical Calculations Warren J.Hehre

Ab Initio Molecular Dynamics Dixminik Marx and Jung Hutter

Adsorption and Diffusion in Zeolites A Computational Study Thijs Joseph Henk Vlugt

Panduan Penggunaan Gaussian 03

Dictionary of Chemistry 




Source: faijalchemistry.blogspot.com

Chem Office



ChemDraw pro versi 8.0 merupakan salah satu program aplikasi dari Chem Office, untuk menggambar struktur 2D dalam bidang ilmu kimia, terutama kimia organik, biokimia, dan polimer. Software ini dapat membantu anda dalam menggambar struktur kimia dengan berbagai fasilitasnya, hanya dengan mengkliknya, tool tersebut akan bekerja untuk anda.

Tool-tool dalam ChemDraw mewakili berbagai macam bentuk ikatan yang dapat anda susun menjadi struktur kimia sehingga tidaklah sulit bagi anda untuk menggambarkan struktur yang kompleks sekalipun, bahkan juga dalam berbagai bentuk konformasi dan dalam bentuk proyeksi.



Struktur-struktur tertentu yang telah umum dapat digambar secara langsung dengan mengklik tool, seperti struktur cincin benzena, siklopentana, sikloheksana dan senyawa siklis yang lain. Tool dalam ChemDraw juga menyajikan gambar struktur untuk asam amino, DNA, dan RNA yang terdapat dalam template, anda tinggal klik, membawanya ke layar, drag, maka jadilah gambar struktur anda.







ChemDraw merupakan program aplikasi untuk menggambar yang di lengkapi dengan tool-tool sehingga pengguna dapat dengan mudah membuat gambar yang diinginkannya hanya dengan mengklik tool-tool tersebut, dengan ChemDraw anda tidak akan mengalami kesulitan di dalam membuat struktur kimia. Hal ini tentu sangat membantu anda dalam menulis skripsi, thesis, karya ilmiah, ataupun jurnal, bahkan anda juga dapat mengkomunikasikan struktur yang anda miliki ke dunia web jika komputer anda di lengkapi dengan program aplikasi ChemOffice yang lain. Gambar yang telah anda buat juga dapat dengan mudah dicetak atau dibawah ke dalam program aplikasi lain seperti Ms. Word.

ChemDraw juga dapat menganalisis struktur kimia yang telah kita gambar dengan menggunakan Analys Struktur pada menu Structure, di sini anda dapat mengetahui sifat-sifat fisik struktur tersebut, misalnya, titik didih, titik leleh, berat molekul, temperatur, tekanan, dll.










Source: networkedblogs.com

Beberapa Link/Web Penyedia Software Kimia Komputasi

Chimera homepage

Chimera manual

Manual page for "swapna"

Changing face of Medline

Dr.joaguin barroso's blog kimia komputasi

Dr.Barry Honig’s web site (Columbia University great images of biomolecules)

NIH Center for Molecular Modeling

PDB DATEBASE

Searching our WebCite Literature Database

MacMolPlt

Gabedit

Ccp1gui

For using wxmacmolplt with pcgamess/firefly there is a short tutorial

blog David Watson computational chemistry

Try Gabedit

GAMESS website

Chemcraft

Molecular Materials Informatics software kimia komputasi untuk hp (BlackBerry)

UCSF Chimera

Schrödinger Products

LigandScout advanced structure-based pharmacophore modeling

Google Directory Science Chemistry>Software Physicaland Theoretical

Molsoft L.L.C.: Download Molsoft Free Products

Computational Science Software

Open Directory Science Chemistry Software Physical and Theoretical

FSF France Free Software for Chemistry

Linux4Chemistry

Software-Files-l.Cnet.Com

Accelrys 1

Download.Accelrys

Molegro Molecular Viewer Product

worldofteaching Free Chemistry Powerpoint

Guru Kimia: SOFTWARE KIMIA GRATIS

Download & Installation Modeller

Using QM, Spartan Model Calculates Energies

Sains Komputasi Computational Science

Q-Chem

NIC-Serie: Publikationsreihe des John von Neumann-Instituts für Computing

NetSci: MM/MD Modeling Software Lists

List of Software for Quantum Mechanics

Download Chemistry sorted by last update descending Softpedia

QCLDB2

NAMD - Scalable Molecular Dynamics

Hyperchem For Linux

Blog Kimia Komputasi Dosen

Hyperchem

Software2 Kimia Komputasi


cyberchem




Source: faijalchemistry.blogspot.com

Terms Related to Computational Chemistry

  1. Ab initio: computational chemistry methods based on quantum chemistry
  2. Born-Oppenheimer approximation: an assumption that the electronic motion and the nuclear motion in molecules can be separated 
  3. Cheminformatics: the use of computer and informational techniques, applied to a range of problems in the field of chemistry
  4. Comparative molecular field analysis (CoMFA): a 3D QSAR technique based on data from known active molecules
  5. Computational chemistry: a branch of chemistry that uses principles of computer science to assist in solving chemical problems
  6. Computer science: the study of the theoretical foundations of information and computation. It also includes practical techniques for their implementation and application in computer systems
  7. Density functional theory (DFT): quantum mechanical modelling method used in physics and chemistry to investigate the electronic structure of many-body systems
  8. Hartree-Fock: an approximate method for the determination of the ground-state wave function and ground-state energy of a quantum many-body system
  9. Hybrid functional: a class of approximations to the exchange-correlation energy functional in density functional theory that incorporate a portion of exact exchange from Hartree-Fock theory with exchange and correlation from other sources
  10. Linear combination of atomic orbitals (LCAO): a quantum superposition of atomic orbitals and a technique for calculating molecular orbitals
  11. Molecular dynamics: a computer simulation of physical movements of atoms and moleculer
  12. Molecular mechanics: an empirical method used to state potential energy from molecules as a function of geometric variable
  13. Molecular modelling: all theoretical methods and computational techniques used to model or mimic the behaviour of molecules
  14. Monte Carlo: a class of computational algorithms that rely on repeated random sampling to compute their results
  15. Mulliken population analysis: estimating partial atomic charges from calculations carried out by the methods of computational chemistry
  16. Quantitative structure-activity relationship (QSAR): the process by which chemical structure is quantitatively correlated with a well defined process, such as chemical reactivity
  17. Post-Hartree-Fock: the set of methods developed to improve on the Hartree-Fock, or self-consistent field method
  18. Quantum chemistry composite: computational chemistry methods that aim for high accuracy by combining the results of several calculations
  19. Slater-type orbitals: functions used as atomic orbitals in the linear combination of atomic orbitals molecular orbital method
  20. Statistic mechanics: the mathematical way to extrapolate the thermodinamic character of materials relatively

Analisa dengan Hyperchem (Pemodelan Spektroskopi UV)


Tujuan
Analisis spectra UV senyawa dengan metode semi empiris
Latar belakang
Di dalam program hyperchem, anda dapat menghitung beda energi antara keadaan elektronik dasar dengan keadaan elektronik tereksitasi dari system molecular dengan menggunakan metode ab initio atau metode semi empiris kecuali extended hukel. Untuk menghasilkan spectrum UV, anda harus melakukan perhitungan metodesingle excited CI (configuration interaction) dengan metode ab initio  atau semiempiris yang dipilih. Gunakan kotak dialog Electronic Spectrum untuk menampilkan dan menganalisis spectrum UV-Vis yang dihasilkan dari perhitungan  single excited CI.Setelah anda melakukan  perhitungan  single point, maka pilihan Electronic Spectrumpada menu compute akan aktif dan siap digunakan untuk analisis.
Frekuensi transisi v didefinisikan sebagai
Ei adalah energi keadaan awal dan Er adalah keadaan akhir dan h adalah tetapan Plank. ZINDO/S diparameterisasi khusus untuk pengukuran spectra UV-Vis, namun demikian metode semi empiris yang lain atau ab initio  juga dapat digunakan.
Aplikasi dari spectroskopi UV-Vis sangat luas, termasuk didalamnya fitokimia, fotobiologi, fotofifik dan spektroskopi analisis. Beberapa contoh topik penggunaan spectroskopi UV-Vis antara lain :
·         Perubahan serapan panjang gelombang dari zat warna akibat perubahan substituen.
·         Mempelajari spectra transfer muatan pada ion logam-ligan.
·         Menentukan transisi absorpsi UV-Vis yang didasarkan pada keterlibatan orbital dalam transisi.
     Sebagai catatan, jika anda mempelajari molekul organic yang mempunyai ikatan terkonjugasi seperti cat, seringkali hanya diperlukan sedikit orbital dalam CI. Sebagai contoh, jika akan menentukan spectrum UV dari asam p-aminobenzoat, spektroskopi (200-350 nm) secara akurat dapat diperoleh dengan hanya menggunakan 2 orbital pada orbital terisi dan tidak terisi, dibandingkan dengan memasukan masing-masing 10 orbital. Spectra orbital akan memberikan semakin banyak garis pada daerah energi tinggi tetapi tidak memberika pengaruh besar pada panjang gelombang maksimum. Akurasi dari spectrum yang diprediksi bergantung pada ukuran, yaitu ruang aktif orbital dari perhitungan CI, karena perhitungan CI lebih lama dibandingkan dengan SCF, maka ukuran molekul menjadi factor utama ketelitiannya.
Prosedur
1. Gambarkan struktur dibenzalaseton dengan berbagai variasinya (ada 3 buah konformasi yang mungkin dibentuk), dan ubahlah dalam bentuk 3D dengan klik ganda pada tool selection (atau klik menu Build, pilih add H & Model build)
2.  Pilih metode semi empiris PM3 pada menu setup. Pada kotak dialog options, pilih RHF spin pairing (mutlak dipilih RHF, bukan UHF), atur total Charge pada nol, spin multiplicity pada 1,dan pilih lowest state.
3.   Pilih CI, dan pilih Singly Excited sebagai metode CI yang dikenal sangat efisien dan sangat baik dalam menentukan energi spektroskopi. Pilih Orbital Criterion, dan tentukan jumlah orbital terisi (occupied) dan orbital tidak terisi (unoccupied).
4.  Tutup kotak dialog dengan klik pada ok, kemudian pilih single point dari menu compute. Hyperchem akan melakukan perhitungan  SCF untuk mendapatkan konfigurasi elektronik pembanding (reference) yang terasosiasi dengan keadaan dasar singlet dari molekul. Kemudian hyperchem menghasilkan satu seri konfigurasi tereksitasi singly,menghitung matrik Hamiltonian antara mereka dan kemudian didiagonalisasi suatu matrik untuk dapat menganalisis spectra UV-Vis.
5.    Jika perhitungan sudah selesai, pilih Electronic Spectrum pada menucompute. Dua set garis akan dimunculkan pada kotak dialog. Pada bagian atas akan dimunculkan semua keadaan elektronik tereksitasi (singlet dan triplet), sedangkan pada bagian bawah hanya menunjukan keadaan yang aktif secara spektroskopi dan intensitas relative mereka. Jika diklik pada bagian bawah, maka garis berwarna hijau akan berubah menjadi violet dan di kotak bawah akan ditunjukan hasil analisisnya.
6.   Lakukan analisis UV-Vis terhadap senyawa yang lain (variasi R dengan –OH, -OCH3, -NO2, -COOH, -NH2, COOCH3) dan bandingkan hasil pengukuran UV dengan data eksperimental yang tersedia. Untuk mendapatkan hasil yang sesuai, anda juga harus memvariasi metode semiempiris yang digunakan dalam metode single point.
Hasil
Gugus ( R )
λ maksimum
-H
-OH
-OCH3
-NO2
-COOH
-NH2
-COCH3

Analisis
1.      jelaskan pengaruh  substituen terhadap λ maksimum yang diperoleh dari perhitungan kimia komputasi. 
  ZINDO adalah metode semiempiris yang parameterrisasinya didasarkan pada data spektroskopi sehingga diharapkan pengukuran spectra dengan metide ZINDO akan menghasilkan data yang bersesuaian dengan data eksperimen. Bandingkan hasil yang anda peroleh dengan hasil yang diperoleh dengan metode ZINDO.